微生物實驗室組成一般包括：準備室、微生物培養室、器械消毒及清洗室、純水室、檢測室、菌種室、儲藏室等。微生物實驗根據工作領域（食品、藥品、醫療等）和性質（教學、生產、研究、檢測等）的不同，實驗室組成和規模有很大差別。

一、微生物實驗室平面布局
微生物實驗室應設置成獨立的區域，與其他實驗室分開，門口設有門禁，非相關人員不得進入，各室根據工作內容合理布局，既方便工作又不互相影響。入口處設置集中式更間，培養室根據培養條件和種類不同可設置多間（如霉菌培養室、細菌培養室、固體培養室、液體培養室等）。
（1）潔凈實驗室：自成一區，安排在實驗室的靠邊角落處，用密封門限制人員的進出，把有潔凈要求的房間設置在人員干擾較少的地方，把輔助房間設置在外部。考慮微生物實驗操作流程，方便人流與物流的份額里。為控制人員的出入（人流），只設有一個密封門進入微生物實驗室主潔凈區，操作人員進入走廊然后進入準備間，并從準備間分別經過一更、二更、緩沖進入操作區。物流則由傳遞窗實現。排風口裝有高效過濾器，送風口裝有高效過濾靜壓箱，室內送排風曹勇上送下排方式，室內排風單側布置，不得有障礙。余壓閥自動調節室內壓力，保持正壓潔凈狀態。
（2）洗滌室：洗滌室房間的尺寸根據日常工作量決定，一般不小于一個單間，洗滌室的位置靠近培養室，給排水設施完善，洗滌臺面須耐熱耐酸，室內配器皿柜，滴水架，干燥架，邊臺等，地面應有良好的排水坡度和地漏。
（3）準備室：設實驗臺、試劑柜等要絕緣、耐熱、實驗臺要耐水耐腐蝕：設置上下水裝置，涉及粉末，篩分等操作，需配置相應的設備。局部排風，設排風柜。
（4）培養室：主要配置各種培養箱、搖床，要求溫度較恒定，有足夠的 電力供應。
二、實驗室設計與裝修
（1）必須為實驗室安全運行、清潔和維護提供足夠的空間。
（2）實驗室墻壁、天花板和地板應當光滑、易清潔、防滲漏并耐化學品和消毒劑的腐蝕。地板應當防滑。
（3）實驗臺面應是防水的，并可耐消毒劑、酸、堿、有機溶劑和中等熱度的作用。
（4）應保證實驗室內所有活動的照明，避免不必要的反光和閃光。
（5）實驗室器具應當堅固耐用，在實驗臺、柜和其他設備之間及其下面要保證有足夠的空間以便進行清潔。
（6）應當有足夠的儲存空間來擺放隨時使用的物品，在實驗室的工作區外還應當提供另外的可長期使用的儲存間。
（7）應當為安全操作以及儲存镕劑、壓縮氣體和液化氣提供足夠的空間和設施。
（8）實驗室的門應有可視窗，并達到適當的防火等級，最好能自動關閉
（9）安全系統應當包括消防、應急供電、應急淋浴以及洗眼設施。
（10）有可靠和充足的電力供應和應急照明，以保證人員安全離開實驗室。
（11）設備的設計、建造與安裝應便于操作、易于維護、清潔、清除污染和進行質量檢驗。應盡量避免使用玻璃以及其他易碎的物品。